С начала 1865 года функции по правлению таможенными учреждениями переданы вновь созданному Департаменту таможенных сборов.

В 1868 году для усиления охраны морской границы в Балтийском море создано Морское крейсерство, а в 1872 году там основана таможенная флотилия.

В октябре 1893 года пограничная стража была выведена из подчинения начальников Департамента таможенных сборов и таможенных округов, ей присвоили название Отдельного корпуса пограничной стражи, который переводился в непосредственное подчинение Министра финансов.

В мае 1912 года утверждена последняя реорганизация таможенной службы в царской России.

Мировая война, первые годы революции и гражданской войны окончательно свели к нулю как внешний товарооборот, так и функции российской таможни. В условиях хозяйственной разрухи и натурального товарообмена вопроса о таможенной политике не возникало.

К реформированию внешней торговли приступило уже Временное правительство. Последующие перемены произошли после Октябрьской революции 1917 года. Из теории общенародной собственности, естественно, следовал вывод о национализации внешней торговли. Положением ВЦИК и СНК о рабочем контроле от 14 ноября 1917 года вводилась государственная торговая монополия на все товары первой необходимости.

22 апреля 1918 года был принят декрет СНК о национализации внешней торговли. Через месяц учреждается пограничная охрана. В июне принят декрет "О переходе Департамента таможенных сборов, Главного управления пограничной охраны и корчемной стражи в ведение Народного комиссариата торговли и промышленности". Департамент таможенных сборов переименовывался в Главное управление таможенного контроля с непосредственным подчинением Народному комиссару торговли и промышленности.