В январе 2010 года в таможенных органах Российской Федерации отмечен 15-летний юбилей создания подразделений информационной безопасности и технической защиты информации.

Впервые подобное подразделение было сформировано в структуре Регионального таможенного управления по эксплуатации объектов таможенной инфраструктуры и социальному развитию в 1995 году. На него были возложены функции по технической защите информации в системе Государственного таможенного комитета России, прежде всего, связанные с организацией защиты информации, содержащей сведения, составляющие государственную тайну.

Со временем функции и задачи технической защиты информации значительно расширились. Это стало результатом развития структуры и функций таможенной службы, совершенствования информационно-телекоммуникационной инфраструктуры Единой автоматизированной информационной системы (далее – ЕАИС) таможенных органов, расширения международного информационного взаимодействия и внедрения перспективных информационных таможенных технологий.

Реализуемая в настоящее время Концепция обеспечения информационной безопасности таможенных органов Российской Федерации включает несколько основных направлений обеспечения информационной безопасности и технической защиты информации в таможенных органах. В частности, Концепция предусматривает организацию технической защиты информации, содержащей сведения, составляющие государственную тайну или иную охраняемую законом тайну; обеспечение безопасности информации при международном и межведомственном информационном взаимодействии, а также при информационном взаимодействии с участниками внешнеэкономической деятельности; организацию эксплуатации сертифицированных средств криптографической защиты информации и электронной цифровой подписи, средств защиты информации от несанкционированного доступа, межсетевых экранов, средств антивирусной защиты информации, средств обнаружения атак и анализа защищенности и др.

С изменением функций и задач изменилась и структура подразделений таможенных органов, призванных исполнять данные функции. Современная ведомственная система обеспечения информационной безопасности таможенных органов Российской Федерации включает в себя, в частности, отдел информационной безопасности Главного управления информационных технологий, отделы информационной безопасности и организации эксплуатации систем ведомственных удостоверяющих центров таможенных органов Главного научно-информационного вычислительного центра ФТС России, а также соответствующие подразделения  региональных таможенных управлений и таможен.

По состоянию на декабрь 2009 года, в таможенных органах эксплуатируется более 35 тыс. технических, программно-аппаратных и программных средств защиты информации.

В 296 таможенных органах (таможнях и постах) внедрено декларирование товаров в электронной форме с применением средств защиты информации. Около 10% грузовых таможенных деклараций оформляется в электронной форме с применением электронной цифровой подписи.

Деятельность ФТС России в области обеспечения информационной безопасности и технической защиты информации отмечена золотой медалью и дипломом лауреата Национальной отраслевой премии «За укрепление безопасности России» (2007 г.) и дипломом Профессиональной премии в области информационной безопасности «Серебряный кинжал» (2009 г.). Должностные лица таможенных органов награждались медалями Федеральной службы по техническому и экспортному контролю «За укрепление государственной защиты информации».